El IES Infante don Juan Manuel pertenece a la Red de Centros de Excelencia Educativa de la Región de Murcia y cuenta con dos sellos de Calidad:
● El sello «Centro de Calidad Educativa Región de Murcia» por haber certificado en el modelo de excelencia CAF Educación en 2015, renovado en
2019.
● El sello «Centro con Compromiso de Calidad en los Servicios» por su Carta de Servicios, publicada en el BORM en 2020».

Ambas certificaciones suponen que la gestión del centro se basa en el principio de mejora continua  mediante el trabajo por procesos, la medición de resultados y la elaboración de planes de mejora. Los procesos definen las acciones que se realizan en el centro de modo habitual y llevan aparejados, indicadores, para medir sus resultados.
Estos indicadores, unos cuantitativos y otros cualitativos, especialmente los de percepción del servicio por los usuarios, permiten obtener una imagen del funcionamiento del centro.
De esta forma se proponen medidas para mejorar aquellos aspectos menos valorados y afianzar aquellos en los que se alcanzan los resultados propuestos.